Las salas
Las antiguas habitaciones de la casa custodian objetos de la historia de la ciudad que compartimos.
Testimonios del pasado sanisidrense, algunos pertenecientes a protagonistas de destacada actuación en el ámbito local, donados por descendientes, vecinos, y estudiosos de la historia de San Isidro.
Es importante que la comunidad tome conciencia de la necesidad de conservar estos objetos, que no tienen “valor de mercado”.
Son valiosos porque contribuyen a fortalecer nuestra identidad, nuestro sentido de pertenencia.
Entre tantos aportes de los vecinos, vale mencionar las esculturas de la artista tucumana Lola Mora, la antigua puerta de la Posta de Pueyrredon y los frascos de la Farmacia Perlender, entre otros. Estos aportes evidencian cómo -entre todos- el patrimonio del Museo puede seguir creciendo para su comunidad.
Sala fundacional
Dedicada a los orígenes de San Isidro, a partir de la fundación de la Capilla y su Capellanía por el capitán Domingo de Acassuso en 1706, la Sala Fundacional exhibe diversos objetos y testimonios, acompañados por una ágil e ilustrativa infografía.
Un recorrido por esta sala permite comprender, de un modo didáctico, cómo un sueño y una devoción se convirtieron en un pueblo.
Entre los objetos que se exhiben se destacan la pila bautismal con la inscripción “año 1778” y la cruz de hierro que coronaba una de las torres del antiguo templo, demolido en 1895.
Rincón de Mariquita Sánchez
Este espacio está dedicado a Mariquita Sánchez, una de las más recordadas propietarias de la Quinta 
Los Ombúes, de destacada actuación en la sociedad de su tiempo, desde los albores de la Patria hasta la presidencia de Domingo F. Sarmiento.
Entre los objetos que pertenecieron a tan ilustre señora vale mencionar un abanico federal de carey y plumas, y otro de papel (recientemente restaurado) con alegoría de las cuatro estaciones.
Asimismo, se encuentra en exhibición la colección de medallas de las 38 damas patricias, acuñadas en su honor por la Sociedad Patricias Argentinas “Dios y Patria”, en 1910.
Sala Beccar Varela
El antiguo salón de la Quinta Los Ombúes, es la única sala ambientada como en los tiempos en que la casa era habitada por la familia Beccar Varela.
En esta sala se exhiben cuadros, muebles, objetos y documentos que pertenecieron a Florencio Varela, Cosme Beccar, María Varela, sus descendientes y, particularmente, a Horacio Beccar Varela.
Entre tantos testimonios de singular valor, cabe mencionar la magnífica miniatura de Florencio Varela -exhibida junto a un bucle de su pelo cortado por José Mármol luego de su trágica muerte en Montevideo-, y el Cristo del Siglo XVIII que la familia Beccar trajo de España al trasladarse al Río de la Plata.
