El propietario más antiguo de la chacra donde se emplaza la Quinta Los Ombúes fue Pedro de la Torre, quien recibiera la parcela en 1580 con el reparto de tierras de Juan de Garay.
En 1612 su propietario fue Alonso Díaz Ferreyra y en 1706, cuando la chacra estaba a nombre de Gonzalo de Zárate, Domingo de Acassuso adquirió una parte de las tierras para destinarla a la capellanía y la capilla que, con los años, devino en el antecedente más concreto del origen de San Isidro.
Reducida la chacra a la mitad, sus nuevos propietarios fueron Juan López y su esposa Francisca de Rojas, quienes la vendieron en 1764 a José de Olivares y Garaigorta.
En 1784 Cecilio Sánchez de Velazco, Alcalde de primer voto del Cabildo de Buenos Aires, compró la propiedad y, en 1812, la heredó su hija, la célebre Mariquita Sánchez de Thompson quien la vendió en 1829 a Rosa Azcuénaga de Santa Coloma, cuya familia tuvo destacada actuación durante el virreinato.
En 1867, la chacra pasó a manos de Pascuala Beláustegui de Arana, esposa del Dr. Felipe Arana, Ministro de Relaciones Exteriores del gobierno de Juan Manuel de Rosas.
Desde 1872, la Quinta Los Ombúes fue propiedad del jurisconsulto Dr. Eduardo Lahitte, abuelo de Roque Sáenz Peña, y, en 1881, la adquirió el matrimonio del Dr. Cosme Beccar y María Varela, quienes perpetuaron el apellido Beccar Varela a su numerosa descendencia.
Entre los 10 hijos de aquella familia, cabe mencionar a Adrián Beccar Varela -de prolífica labor en la función pública- y al Dr. Horacio Beccar Varela.
Con el acuerdo de los demás herederos, la quinta "Los Ombúes" pasó a manos de Horacio casado con María Cristina Castro Videla. Como curiosidad, vale mencionar que, en 1928, Manuel Mujica Lainez se hospedó en la histórica casa, para completar sus estudios en el Colegio Nacional de San Isidro.
El Dr. Horacio Beccar Varela fue quien dispuso que "al fallecer el último de mis hijos se consolide el dominio en la Municipalidad de San Isidro...".
En el año 2005 se hizo efectiva aquella donación y la comuna incorporó la propiedad al patrimonio local, reconociéndola como de Interés Histórico.
Posteriormente, el 2 de Octubre de 2007, la Quinta Los Ombúes fue declarada Monumento Histórico Nacional.